本剧以世界法医鼻祖--宋代法医学名师宋慈为原形,讲述他从事刑狱审勘的一生,填补了古代清官探案戏中的两个空白,也就是宋慈本人创导的法医检验和逻辑推理。凭借这两把杀手锏,宋慈让一个个扑朔迷离、悬念迭起的无头命案真相大白。他让死人开口,令尸骨鸣冤,奇异的破案手段,意料之外而情理之中的故事情节令人拍案叫绝。
宋慈金榜题名、喜迎新人的双喜之日父亲宋巩却因错判人命而以死谢罪临终前留下了不许儿子涉足刑狱的遗命。忽然又传来好友孟良臣梅城遇难的凶讯。经宋母开导宋慈毅然带着英姑和捕头王奔赴梅城以令人叫绝的检验手段使隐藏在迷案幕后的知州卢怀德原形毕露。宋慈与岳父薛庭松联手使两任知县被害的真相大白。宋慈声名鹊起从此走上了刑狱审勘之路。
宋提刑太平查狱发现曹墨杀人案疑点但距刑期仅存三天。连夜赶到河边果然从去年的"案发"现场获得线索。进而夜审曹墨;日访曹母;使本案真相渐显:知县刑讯逼供;曹母忍痛做下伪证;里正谭小窃取物证;冤案由此铸成。玉娘大义开棺取骷验骷法解开了本案谜底--本案真正的凶手恰是好大喜功的知县吴淼水。冤者昭雪知县割职。宋提刑三月审决滞案二百余宗。
嘉州库银失盗二十万两朝廷震惊急调宋慈至嘉州协同查案。知州范方生性贪婪不学无术;通判袁捷是宋慈同科进士治理有方口碑极好。库监因涉嫌串通盗匪自杀身亡。宋慈检尸后认定是被毒打致死。范方深夜用船偷运二十几万两银子被袁捷截获上报朝廷认为范方与盗贼有染监守自盗。宋慈却看出破绽认为范方的银子是贪赃所得盗取库银另有他人。袁捷的红颜知己紫玉偶然发觉屋里藏有十几只装满银子的箱子不料招致灭顶之灾。
宋慈几经曲折查明盗银者竟是通判袁捷……
美貌女旦小桃红被害抛尸于明泉寺附近山中。宋慈按惯常推理手法将刑部小吏竹如海定作凶手致使其蒙冤自尽。再次勘察方知有误。忽有客来访竟是被罢官的刁光斗此人在京城开设如意苑招引高官皇亲来苑中玩乐势力很大。宋慈查明刁光斗利用小桃红之死胁迫驸马梅子林帮他与北方敌国做下一笔大生意:用北方病马换江南粮食从中牟取暴利。刁又暗中收集京城官员劣行证据有八大箱之多以要挟官员听命于他。宋慈将八大箱运至皇宫谁知宋皇欲掩官场丑态将八大箱子付之一炬。宋慈心灰意冷辞官而去。